Não. Embora a cobrança da taxa de comissão seja sobre o valor total do pedido e portanto incida sobre o frete, no momento de calcular o frete haverá um repasse da taxa para o comprador. Dessa forma, o valor líquido do frete recebido pelo vendedor estará isento da taxa de comissão.

Veja o tópico "Como configuro e calculo o frete?"